但萨摩斯人万万没有想到在塞克立安等舰队长官的命令之下，戴奥尼亚舰队中约有八成的乌鸦战船在附近的海滩靠岸，舰队步兵从战船上下来，汇聚了近15，000人，将萨摩斯城团团包围。
在城头上的萨摩斯人望着城外密密麻麻、装备齐全的戴奥尼亚士兵无不感到震惊。
这时，塞克立安派出信使，进入萨摩斯城，在议事会上气势汹汹的威胁萨摩斯人：立刻归顺戴奥尼亚，如果他们胆敢放走小亚细亚舰队，即使投降了，也会遭到惩罚！
信使的威胁吓住了萨摩斯的议员们，让他们想起了戴奥尼亚在希腊战争中毁灭了泰格亚的传闻，所以他们居然不敢对使者的嚣张气焰进行反击，反而客气的表示：议事会需要时间对这个重大的议题进行商议，才能作出决定。
塞克立安从信使口中得知萨默斯议事会的表现之后，也同米多拉德斯、斯特法卡斯进行商议，然后达成一致意见：他率领第一舰队以及这15，000名舰队步兵，继续包围萨摩斯城；而第二舰队和第三舰队立即北上，前往米利亚。
夜幕降临之前，塞克立安甚至又做出决定：将所有战船拖上海滩，仅派快船轮流盯住萨摩斯港口。
这是一个非常大胆的决定，小亚细亚舰队完全可以利用这个有利时机，冲出港口，迅速逃回哈利卡纳苏斯。
事实上，小亚细亚舰队的将领们确实向萨摩斯提出了离开港口的要求，但萨摩斯议事会还在就戴奥尼亚使者白天的要求争论不停，没有达成统一的意见，哪敢让小亚细亚舰队离开而给自己带来灾祸，于是找各种理由推脱，而小亚细亚舰队将领们自己也意见不一，没有强烈的要求即刻在夜晚离开，所以就暂时不了了之。
等到了第2天一早，塞克利安就率领第一舰队战船重新封锁港口，而岸上的军队则在第一舰队步兵指挥官赛塞菲多鲁斯的带领下砍伐岛上的树木，部分用来修建营地，部分用来打造攻城器械，摆出一副随时准备攻城的架势。
在城投的萨摩斯公民兵望见这一切，心中更是不安。
不安的还有小亚细亚舰队的将领们，他们再一次在提出要求，想在晚上悄悄离开港口，而且态度十分坚决。
因此萨摩斯人想要敷衍却行不通之后，态度也变得强硬：拒绝打开港口水门，放他们离开。
双方还因此差点儿发生冲突。
相比较城内险些发生的骚乱，城外的塞克立安也同样不轻松，因为船员们携带的口粮已经吃完了，晚餐是舰队船员这两天花大力气从近海捕捞的鱼、熬的鱼汤，勉强充饥。
但塞克立安却对胜利充满信心，他不但信任米多拉德斯和斯特法卡斯，而且他曾经和列奥提奇德斯并肩战斗过，他坚信如今的这位希腊联军统帅一定会抓住这个胜机，及时来援。
为此，他整个傍晚都在走访各个帐篷，鼓励船员和舰队步兵们坚持下去。
第3天一早，饿着肚子的戴奥尼亚船员们依旧驾驶着战船出海，封锁萨摩斯港口，如果此时小亚细亚舰队冲出港口与戴奥尼亚第一舰队决一死战，胜负尚不可知，但小亚细亚舰队畏惧敌人战船数量多于自己，选择了继续龟缩在港内。
而萨摩斯人的拖延更像是把命运交给了神祗，当然他们更期盼波斯的援军能及时赶到。
但到了中午，一支庞大的船队从北面行驶而来，让萨摩斯人的期盼彻底落空。
列奥提奇德斯不但派来了运粮的船队，而且还让第二、第三、第四舰队运载来整个第十军团的士兵，一时间成千上万艘战船云集萨摩斯附近海域，不但震慑了萨摩斯港内的小亚细亚舰队，也向以弗所等附近的沿海城邦展示了自己强大的海军实力。
8000名第十军团士兵以及剩余的舰队步兵们全都登上了萨摩斯岛，将近3万名戴奥尼亚士兵光是在城外排兵列阵，就遍布了萨摩斯岛大半的山野，更别提声势惊人的弩炮。
萨摩斯人彻底绝望了，它自建立以来何曾面临过如此强大的敌人，曾经攻打过它的雅典完全不能与之相比，所以戴奥尼亚士兵还没开始攻城，他们就迅速做出决定——投降。
在港口的小亚细亚舰队将领们得知萨摩斯人背叛了波斯，立刻带领船员们在港口发动暴乱，企图夺取水门，让舰队战船能够冲出港口，做最后的拼死一搏，也比一战未打就直接被俘虏的好。
谁知有自知之明的萨摩斯人向戴奥尼亚军队投降之后，就立刻邀请戴奥尼亚军队入城，请他们亲自处理盘踞在港口的几万名小亚细亚舰队船员。
没多久，小亚细亚舰队发动的暴乱被迅速赶到的戴奥尼亚第十军团粉碎，至此戴奥尼亚军队和舰队几乎没有遭受任何损失，就俘虏了整个波斯小亚细亚舰队，这是一场令人振奋的完胜，它不但意味着戴奥尼亚暂时获得了在小亚西亚西部的海上主导权，而且让原本海军实力大致相当的波斯和戴奥尼亚发生了变化，戴奥尼亚及其盟邦开始占据优势。
波斯小亚细亚舰队的覆灭和萨摩斯的投降对小亚细亚西部的希腊诸邦造成了很大冲击，他们突然意识到：失去了海军的保护、而各地区的波斯驻军又大多前往弗里吉亚，实力惊人的戴奥尼亚舰队可以肆意登陆和进攻任何一个西部沿海城邦，于是以弗所、米利都、开俄斯……甚至包括莱斯沃斯等诸多小亚细亚希腊城邦一改之前疏远的态度，先后派使者向戴奥尼亚舰队、以及登陆的戴奥尼亚军队表达友好之意，有的甚至请求他们能够释放部分小亚细亚舰队的船员，毕竟小亚细亚舰队中大半船员来自于这些希腊城邦。
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